『解深密經疏』是玄奘譯『解深密經』五卷的注釋。本 書為唐代諸家注釋之中，唯一現存的寶貴資料。內容與圓測之其他著作同樣，依四門分別總括經意。四門就是： (1)教興題目；(2)辨經宗體；(3)顯所依為；(4)依文正釋。 圓測於本疏中，縱橫引用很多經論加以注釋。依筆者的統計，共有下列各書。

甲、經典類(引用次數)一、瑜伽論五二九次二、梁攝論三七九次
三、解深密經二三九次四、雜集論一八四次五、顯揚聖教論一八三次
六、大智度論一八○次七、成唯識論一五一次八、無性攝論一二八次
九、大毘婆沙論一二二次一○、俱舍論一一一次一一、佛地論一○二次一二、唯識論八四次一三、莊嚴經七九次一四、順正理論七六次
一五、相續經六八次一六、阿含經六七次一七、華嚴經五四次
一八、解節經、法華經五一次一九、十地論四八次二○、涅槃經 三八次二一、善戒經、楞伽經三○次二二、成實經二五次
二三、金光明經、波若論、地持論二○次二四、雜心論、維摩經、金剛波若論、中邊分別論一七次二五、金剛仙論、辨中邊論、廣百論、仁王經　 一三次二六、無量義經、大品、大業經一二次二七、十住毘婆沙論 一一次二八、其他僅引用數次的有下雜含(八次)、部執論、寶積經、十地經、佛性論(各七次)、真實論、五蘊論、阿毘達磨經、理門論、顯宗論(各五次)、掌珍論、無垢稱經(各四次)
、長含、中論、楞嚴經、本業經、勝鬘經、寶性論、大乘同性經、大般若經(各三次)、阿難目佉陀羅經、大悲經、海龍王經、大集經、法集經、央掘魔經、普曜經、梵網經、四分律、不可思議經 (各二
次)、 觀音授記經、菩薩燈論、集法經、識身足論、正法念處經、伽陀經、金剛華經、五濁論、業釋經、大乘起信論、大界經、寶鬘論、十輪經、五王經、法印經、集異門論、密嚴經、百法論、密跡經
、發智論、金光明經、舊俱舍、海慧菩薩品、菩提資糧論、攝法經(各一次)。如上所述，共引用了八三種以上的經論，這委實是驚人
之數量。

乙、引用古德學說的有(引用次數)下列諸德：
一、世親七七次二、玄奘四九次三、真諦、護法三五次四、菩提留支、龍樹各八次五、彌勒四次六、長耳三藏、清辨各三次
七、其他僅引用一、二次的有﹕ 吉藏、瞿婆、堅慧、護月、親光、誕、光統、劉虯、羅什、曇無懺、求那跋陀羅、般頗等人。合計引用了二十一人。

丙、部派(引用次數)一、薩婆多部六四次二、經部四三次
三、大眾部一八次四、一說部、說出世部、雞胤部各三次五、其他僅引用一、二次的部派是：多聞部、法密部、數論、勝論等。
合計十三部派。

本書最大的特色就是，儘管圓測為新唯識派的學僧，卻很巧妙地利用了新譯唯識派所排斥的舊唯識義(真諦說)，而作公平的取捨。這與慈恩派之一昧排斥的態度迥然不同。例如：強調一性皆成與五十二位修道論，都與新唯識派不同。故閱讀本疏不但能知圓測的思想，亦能獲得研究真諦思想。
圓測的另一特色就是「解題」時的治學精神，筆者以為這是最寶貴之處。於此可窺見現代學者所用的方法論。圓測於此中詳述思想背景、歷史開展、思想種類、差異、分派實情等等。圓測的確不愧為頭腦明晰的高僧，而一如崔致遠所盛讚的「夙種善芽，行攀勝果，為鰈海之龍子，是雞林之鳳雛」的天才。
本疏的內容、組織如下：


　┌ (一)教興題目--敘本經必興之理由及解題
　 │　 ┌1攝妄歸真門
　│　 能 │2攝相歸識門
│ 詮 │3以假從實門
　│　 ┌教─┤4三法定體門┌1法數出體┐　　
│ │體 └5法數出體門┤2本影有無│ 敘論當時學
│ (二)│　　┌1存妄隱真宗│3聚集顯現│ 界的教體論
│辨經 ┤ ┌│2遣妄存真宗│ 歷心差別│ 及問題

│宗體 │所││3真妄俱遣宗└4辨音一異┘
│ │詮┤└4真妄俱存宗─真妄俱存為宗
│ └宗│┌1約時辨宗─了義為宗───┐





四│ 旨└┤2部別顯宗─顯三種無為為宗│明示本經　　　　
門┤ └3隨病別宗─二諦三性等所詮│之殊勝地
│ 為宗─────┘位
│ 　　　┌二藏─菩薩藏──┐　　　　　
│　　 　所│三藏─阿毘達磨藏│　　　　　
│ (三)┌依┤十二部經─論議經│─敘本經之勝相
│顯所 ┤ │四教─法相觀行 │　
│依為 │　└五教門─觀行門　┘
│ └所┌諸教所為 ┌1或菩薩不定性┐評
│ 　　 為└此教所被─五姓各別┤2通無姓外四姓┼取 　
│ 　　　　　　　　　　　　 └3通五姓───┘
　└ (四)┌─1或具二分缺流通分　
依文 ┤ 2具備三分─本經以三分為正說　
　　正釋 └─3或科五分


由本疏比較圓測與慈恩的差異，其最顯著者是第二「辨經宗體門」之五門出體。這是慈恩所未涉及的問題。慈恩疏僅有四門出體，而由另一角度組織。圓測的「五門出體」，遭受二祖慧沼『了義燈』的破駁。又「法數出體門」下的「本影有無」亦與慈恩的看法大不相同。對「有影無本說」圓測列舉了龍軍、堅慧、金剛軍等人之說。
在『成唯識論疏』軼亡的今日，『解深密經疏』確為理解圓測思想之最佳線索。

『解深密經疏』本來欠缺第八卷首之一少部份最後之第十卷全部，而為學界所惋惜。甚幸於一九四九年四月由日本大谷大學稻葉正就教授發見其藏譯本收錄於西藏大藏經中。於是把它譯出而復原全貌，這委實裨益學界不淺。
第八卷首的部分是『解深密經』卷四「地婆羅蜜多品第七」(大正一六、七○三中)之疏釋序，未涉及經文的解釋。
第七品的疏釋分為「(一)釋品名義；(二)辨品來意；(三)依文正釋」等三部分，欠缺的正好是前二部分。對此，第十卷的疏釋是『解深密經』第五卷「曼殊室利菩薩復白佛言：世尊﹗凡有幾種一切如來身所住持言音差別﹖……」(大正一六、七○八下第八行)至最後的解釋。即：相當於第五卷「如來成所作事品第八」而極為重要。圓測於此敘述其淨土觀(詳細內容請參閱拙著『圓測之研究』第三章第三節淨土觀)。
節錄華岡佛學學報第六期圓測之研究