阿底峽認為﹕密咒乘勝過波羅蜜多乘，是屬於更上一層樓的修法。因此，說完波羅蜜多乘以後，就在《菩提道燈難處釋》的最後一章宣說「密咒乘」──無上大乘中的最大乘。其中主要的內容是說﹕想疾速圓滿福慧資糧而修學密咒法門的人，必須先承事師長，令師長歡喜。待求得灌頂和隨許之後才能修習。其中，「密灌」和「慧灌」，出家眾不能求受，否則不但不能獲得成就，反而會犯戒而墮落三惡道。顯然，在為利眾生願成佛的發心基礎上，《菩提道燈難處釋》結合了波羅蜜多乘與密咒乘，形成一部貫通顯密的修道次第的論典。

印度的無上瑜伽密，興於第八世紀前後。在此以前的大乘顯教論典相當純粹，幾乎看不出有全面結合密教修行體系的趨勢。第七世紀以實踐著名的寂天，在他的名著《學處集要》中，也只是引用了一些真言而已，不涉及密教修法的全體。到了第九世紀達磨羅王時，興建超戒寺，顯密并弘。自此以後，密教日益興盛。不過，一般學者寫作顯密論著時，大都分別處理，各成體系，很少把顯、密之學貫通成一個道
次第也就是﹕以菩提心貫通顯密。先三歸、三學﹔由戒得定，由定起通，雙運智慧與方便﹔最後昇進密乘，以不共修法疾速圓滿福慧資糧，成就正覺。如此顯密一貫的修道次第，除了《菩提道燈》與《菩提道燈難處釋》以外，恐怕很難再找到同樣性。

節錄中華佛學學報第４期